連州市地處南嶺之中的萌渚嶺南麓,境內(nèi)崇山峻嶺,丘陵岡巒星羅棋布。主要山脈有綿延豐陽、瑤安一帶的簸箕山脈,主峰天堂嶺,海拔1712米,為市內(nèi)最高峰,位于瑤安與湖南省藍山縣交界處;橫跨東部潭嶺、朝天、西江一帶之大東山山脈,主峰巖坑山,海拔1604米,為連州市次高峰,位于朝天與陽山交界處;其余山嶺多在海拔1000米以下。山地占全市總面積的72.2%,丘陵占15.9%。連州市地形,因東面有大東山脈,由東北向西南;西部有大龍山脈,由西北向西南;北部有簸箕山脈,形成西、北、東三面山地,中部稍低,均為丘陵地帶。星子、大路邊、龍坪、保安等鎮(zhèn)大部分地區(qū)為小盆地;西岸西北部、豐陽南部、東陂北部為丘陵盆地;西岸、東陂兩鎮(zhèn)河流兩岸為河谷盆地;連州、保安及九陂等鎮(zhèn)部分地區(qū)為丘陵盆地。
連州市主要河流有星子河,發(fā)源于大東山脈,發(fā)源地近處建有一個大型的潭嶺水庫。保安河、東陂河發(fā)源于北部簸箕山脈,還有連南瑤族自治縣的三江河,流經(jīng)連州市連州鎮(zhèn)大巷口村附近匯入連江。